В 1648 году Земским приказом управлял Леонтий Степанович Плещеев. С 1627 года он служил в чине дворянина московского, в 1б29-м участвовал в царском походе на богомолье в Николо-Угрешский монастырь,

в 1635—1636 годах был воеводой в Вологде. В 1б40-м эта рядовая карьера служилого человека прервалась — Леонтий Степанович и его сын Иван были арестованы по обвинению в «ведовстве и воровстве», пытаны и сосланы в Сибирь, а позднее возвращены. Несмотря на то, что биография Плещеева была далеко не безупречна, в 1648 году он благодаря поддержке всесильного боярина Б. И. Морозова возглавил один из крупнейших приказов. Плещеев и его шурин Петр Траханиотов беззастенчиво грабили москвичей. Злоупотребления были настолько велики, что оба чиновника вызывали всеобщую ненависть. Во время московского восстания 1648 года толпа потребовала у царя выдать на расправу Морозова, Плещеева и Траханиотова. Царю удалось отстоять свояка (Морозов был женат на сестре царицы Анне Ильиничне Милославской), но Плещеев и Траханиотов были растерзаны толпой.

Адам Олеарий сообщает, что Плещеева считали чародеем, и описывает происшествие во время московского восстания: «Когда вечером около 11 часов несколько немцев остановились, глядя с большим страхом на стоявший в пламени великокняжеский кабак, они вдруг увидели черного монаха, стонавшего и кряхтевшего, точно он тащил за собою большой груз.

Наименование Славяно-греко-латинской академии

Обучали там чтению, письму, греческому языку, пиитике, истории, богословию; в распоряжении учителей была богатая библиотека Печатного двора, а ученики получали стипендию за счет казны. В 1684 году в этой школе учились уже 168 человек

На основе этого учебного заведения патриарх и начал создание академии, для работы в которой пригласил ученых греков братьев-монахов Иоанникия и Софрония Лихудов. В 1685 году они стали преподавать в еще одной школе, созданной на территории Богоявленского монастыря. Так в треугольнике между соседними владениями, разделенными всего сотней-другой метров, расположились целых три учебных заведения — небывалый случай для Московского государства.

Патриарх увидел в Лихудах достойных исполнителей своего просветительского замысла, и все три школы постепенно соединили в одну, которую разместили в Заиконоспасской обители. Вскоре началось строительство трехэтажного здания академии («длиной 15, шириною 5 сажен 2 аршина»), к которому примкнул корпус для ректора и преподавателей. В месте соединения корпусов была сооружена башня, внутри которой находились лестницы, выводившие на второй и третий этажи. В сентябре 1687 года строительство было завершено, и вскоре туда переселились Лихуды с учениками. В те времена учебное заведение чаще всего именовалось «Спасскими школами». Наименование Славяно-греко-латинской академии закрепилось за ним только в XVIII веке.