Однако во главе списка из 58 членов Общества стояла отнюдь не игумения и не монастырский священник, а старший по команде надзора Ивановского исправдома, он же старший наблюдатель, К. И. Авдеев, который работал и жил по соседству, в секретном учреждении ГПУ-ОГПУ. Священники поселились поблизости от монастыря: отец Иосиф Будилович с семьей жил на Ульяновской улице (дом п, квартира 8), а священник Алексий Скворцов со своей матушкой Юлией Петровной и четырьмя детьми – в Хохловском переулке (дом 14, квартира п). В 1924 году в семье Скворцовых родился пятый ребенок, которого назвали Владимиром.

Монастырское имущество из занимаемых концлагерем помещений стали постепенно переносить в собор. Так, из бывшей трапезной были перенесены 7 старых икон, аналой, столик с полочкой и 31 картина «религиозного содержания». Было разрешено также перенести в собор все имущество иконописной мастерской.

Соседство концлагеря, в котором содержалось, кстати, немало обыкновенных уголовников, не прошло даром. 21 декабря1923         года из собора были украдены серебряная вызолоченная дарохранительница и серебряный складень. Летом 1926 года случились, одно за другим, два неприятных события: произошел пожар в подвальном помещении под храмом, которое находилось в пользовании исправдома, и по распоряжению лагерной администрации была разобрана северная паперть собора.

Сотрудники музейного отдела МОНО

В 1920-е годы сотрудники музейного отдела МОНО и Главнауки самоотверженно спасали церковные здания и имущество от разорения. Впоследствии, во время «чисток» госаппарата, многие из них были уволены и сосланы, а некоторые впоследствии казнены. На смену им пришли новые люди, которые безоговорочно утверждали все решения властей. Так, в 1929 году, во время «безбожной» пятилетки, храм Петра и Павла у Яузских ворот попытались закрыть по представлению Рогожско-Симоновского райсовета, для чего понадобилось разрешение музейного отдела Главнауки, и 21 января представители отдела дали письменное заключение о том, что Главнаука не возражает против использования здания церкви под пионерский клуб. В этом заключении говорилось, что «внутреннее убранство здания художественного значения не имеет, поэтому допустимы всякого рода внутренние переустройства, что же касается наружного вида здания, относящегося к 1702 г., то надлежит его в общем сохранить без существенных изменений» .

Здание Петропавловского храма приглянулось пионерскому отряду ВСНХ РСФСР. За четыре года существования отряда пионеры из домов ВСНХ, в количестве 180 человек, заполонили небольшое здание этой важной советской организации. «Скитание по коридорам и лестницам ВСНХ, срывы пионерских сборов, массовые выходы пионеров из отряда» побудили местную комсомольскую ячейку попытаться захватить здание храма и использовать его для своих нужд.