Пришлось обращаться в высокие инстанции. Даже на возвращение мольбертов и шести скрипок, принадлежавших монастырю, пришлось испрашивать особого дозволения у новых хозяев. В монастырь теперь входили через часовню св. Иоанна Предтечи (как и в наши дни), а вход через Святые врата, располагавшиеся между двумя колокольнями, предназначался для обитателей концентрационного (в бумагах написано «контрационного» – видимо, от слова «контра») лагеря 77.

В апреле 1921 года на заседании коллегии ВЧК под председательством Г.Г. Ягоды (тогда еще управделами ВЧК) было решено передать все лагеря особого назначения, находившиеся в Москве, губернскому отделу принудительных работ. В распоряжении Центра были оставлены лишь три концлагеря: Ивановский, Анрониковский и Кожуховский (бывший Николо-Перервинский монастырь на окраине тогдашней Москвы). Вслед за этим постановлением последовало другое, также подписанное Ягодой. Всем комендантам тюрем города Москвы и комендантам ВЧК и МЧК была разослана секретная телефонограмма, в которой говорилось: «Приказываю представителей Политического Красного Креста к политическим заключенным, числящимся за ВЧК и МЧК, не допускать». У заключенных, арестованных по политическим причинам, не осталось ни малейшей надежды на защиту от неправого суда и на восстановление справедливости. В мае 1921 года инспектором административного надзора после осмотра «бывшего Ивановского монастыря» была составлена докладная записка.

Высокопреосвященнейший владыка

После вселения монахинь в обитель митрополит Иннокентий напомнил настоятельнице о необходимости устроения монастырской школы, в соответствии с завещанием Елизаветы Макаровой. В связи с этим 14 ноября 1879 года игумения Рафаила обратилась в Комиссию по устройству бывшего Московского Ивановского монастыря: «Высокопреосвященнейший владыка говорил мне о необходимости открыть училище при вверенном мне Ивановском монастыре.

Желая немедленно исполнить волю Владыки и усматривая невозможность открыть училище в предполагавшемся для него здании, которое не представляет надлежащих удобств для помещения детей и требует очень многих переделок, я нахожу нужным, хотя временно открыть заведение в келиях, называвшихся настоятельскими» 3“. Игумения просила Комиссию выдать ей на приобретение классных и спальных принадлежностей не менее 5000 рублей и не приступать ни к каким серьезным капитальным работам до тех пор, пока ход дела в училище не покажет, что еще необходимо для жизни учащихся.

В монастыре начала действовать и больница для монахинь и послушниц, в которой проходили послушание сестры, определенные туда настоятельницей. В правилах, которыми они должны были руководствоваться, подчеркивалось, что работа в больнице представляет собой особый вид монашеского делания, призванный научить истинной любви к ближнему.