Так что, вероятнее всего, это были всего лишь старые дома причта. Земля под ними с юга от церкви отошла под новый участок кладбища. Часть старого кладбища с востока от церкви пришлось закрыть и отгородить наглухо забором в связи с тем, что во время морового поветрия 1654/55 года здесь «были кладены усопшие». Эпидемия унесла жизни и приходского духовенства. Дворы священника и диакона стояли пустые, постоянного штатного священника долго не было, дань платил дьячок Тимошка Стефанов. Упоминание «диаконова двора» свидетельствует о многочисленности прихода – в середине XVII века диакон в приходском московском храме был редкостью.

С 1658 по 1684 год в церкви Трех Святителей служил священник Леонтий Панкратов “, при котором начали возводить дошедший до нас каменный двухэтажный храм. Вероятно, он был заложен в конце 1660-х годов. Кто именно был заказчиком строительства, неизвестно, но очевидно, что его имя следует искать среди состоятельных обитателей Трехсвятительского прихода.

Из Переписной книги 1669 года известно, что ко времени начала строительства потомки некоторых прихожан, известных по предыдущей переписи, продолжали обитать в своих дворах. С юга от церкви стояли дворы стольников Андрея и Ивана Павловичей Акинфовых, внуков Леонтия Акинфова, служивших царю Алексею Михайловичу. Во владении Тимофея Голосова жил его сын, думный дьяк Александр Тимофеевич Голосов, а другой его сын, Лукьян, обитал по соседству, в приходе Николы в Подкопаях.

Владыка Филарет

Не будучи монахиней, Елизавета Макарова, по благословению владыки, хотела в определенной мере повторить эту традицию и непосредственно участвовать в жизни возобновленного монастыря. Примечательна в этом отношении выдержка из ее официального прошения на имя митрополита Филарета, написанного в апреле 1856 года: «Желая устроить на своем иждивении в городе Москве женский общежительный монастырь для 25-ти монахинь и 25-ти послушниц, из числа коих должны быть и должностныя лица, как-то игумения, казначея и ризничья. Для отправления же богослужения иметь двух священников, одного диакона и двух причетников, а для прислуги в монастыре трех чернорабочих, сверх того намерена при монастыре устроить корпус в роде больницы с церковью и с кельями для 6-ти престарелых монахинь, за коими я сама желаю иметь особое попечение, а потому в корпусе том устроить тоже комнаты для собственного моего помещения.

Владыка Филарет благословил соединить «дело молитвы и отшельничества с делом благотворения», что также соответствовало духу времени. В возобновленном монастыре предполагалось открыть больницу и училище для девиц духовного звания. При этом святитель сам составил штаты монастыря с распределением содержания для духовенства и монахинь. Капитал в 600 тысяч рублей, который собиралась пожертвовать Макарова, он предложил разделить на две половины, одну из которых нужно было потратить на восстановление самого монастыря, а на другую приобрести дома в Москве, чтобы на доход от сдачи их внаем содержать в будущем и монастырь, и его благотворительные учреждения.