Новый храм строили по благословению Патриарха Адриана в 1700-1702 годах. Главный его престол был освящен в честь иконы Божией Матери «Знамение», а для старого престола во имя апостолов Петра и Павла с северной стороны устроили особый теплый (зимний) придел. В архиве Петропавловской церкви хранилась храмозданная грамота Патриарха Адриана, датированная 16 июля 1700 года. В ней говорилось, что «поп Диомид с причетниками били челом о позволении вместо старого и во многих местах с рассединами храма, разобрав, построить церковь Знамения Божией Матери и придел во имя Апостолов Петра и Пав ла»9. Ктиторами и храмоздателями новой церкви, судя по сохранившимся подрядным записям, были старинные прихожане из рода дворян Еропкиных и Колычевых. Подрядные записи на разборку старой Петропавловской церкви и на строительство новой, двухпрестольной, с колокольней относятся к апрелю 1701 года,0. По договору, составленному 1 апреля 1701 года, разобрать церковь за 12 рублей взялся ярославский крестьянин подрядчик Павел Данилов. Запись он сделал на имя подрядчика по строительству нового каменного храма – крестьянина деревни Грешневой Ярославского уезда (вотчины Степана Тимофеевича Колычева) Никифора Степанова. Оплату строительных материалов и работы каменщиков взяла на себя вдова стольника Михаила Ивановича Еропкина Василиса ". Строительство храма было закончено в начале 1702 года, а 1 января в новопостроенный храм был выдан антиминс, который из Патриаршего Казенного приказа взял диакон Петропавловской церкви Савва Прокопьев.

Церковная причта

Сам фабричный устроился у ворот и стал собирать деньги на «всемирную свечу». Толпы возбужденного народа бросились к воротам – собирать деньги в кружки, сюда же стали приходить священники и служить молебны. К высоко висящей иконе была приставлена лестница, чтобы люди могли ставить свечи и прикладываться к чудотворному образу33. Московский архиепископ Амвросий (Зертис-Каменский), желая прекратить опасное скопление народа, велел запечатать кружки с деньгами. Владыка хотел снять икону и обратился к военным властям и лично к генерал-поручику Петру Дмитриевичу Еропкину с просьбой не допускать к ней москвичей. Тогда ударил набат, начался бунт, и обозленная вооруженная толпа бросилась в Кремль в поисках владыки Амвросия, а не найдя его, разорила жилые покои.

На следующий день, 16 сентября, архиепископ был найден в Донском монастыре и бесчеловечно убит. Вскоре генерал Еропкин подавил бунт. Трое главных убийц были повешены, двенадцать человек, оглашавших мнимое чудо, сослали на галеры, а еще шестьдесят – наказали кнутом и сослали на каторгу. Был наказан и Всехсвятский священник Федор Матвеев за то, что «не по правилам» пел молебен на улице и в шалаше у ворот. Его, как и не доложившего на него начальству диакона Петра Трифонова, указом Священного Синода от 23 марта 1772 года определили лишить священства (а диакона – диаконства), исключить из церковного причта и отослать в светскую команду.