Внутренние помещения церкви использовались первоначально под склад ГПУ, а впоследствии (до 1948 года) здание было передано расположенной рядом Государственной исторической библиотеке. Предполагалось даже снести храм и построить на его месте новый библиотечный корпус, однако в итоге было решено создать здесь резервный книжный фонд, для чего внутри были устроены многоярусные, до сводов, стеллажи.

Новый этап в истории храма наступил в 1968 году, когда по заказу арендатора памятника, Исторической библиотеки, здесь начались обмерные и исследовательские работы, которые проводил автор проекта реставрации Г. К. Игнатьев, при участии Л. А. Шитовой. Замечательный храм, лишенный пятиглавия и главы Борисоглебского придела, должен был обрести свой первоначальный облик. Оба здания имели нехарактерную для второй половины XVII столетия скатную крышу, скрывавшую верхние части лопаток и пояса кокошников, украшенных изразцами. Уровень земли с северной, восточной и южной стороны храма за столетия значительно приподнялся (у северного фасада – до подоконников), что способствовало интенсивному увлажнению и разрушению кладки стен. Существенный ущерб храму нанесло расширение оконных проемов в конце XVIII века, из-за чего были частично стесаны их наличники. Южное крыльцо было значительно повреждено, а западное, построенное по аналогии с ним в конце XIX столетия, закрыло первоначальный пояс ширинок с изразцами. На втором ярусе колокольни при навеске большого колокола были растесаны стенки звона.

Внутренний парк

Во дворе этой больницы было тайно захоронено более тысячи человек, расстрелянных где-то поблизости в 1920-х и в начале 1930-х годов. Скорее всего, здесь лежат жертвы и более ранних расстрелов. Но откуда привозили тела для захоронения? С Лубянки? Из Таганской тюрьмы? Или из Ивановского концлагеря, где, как рассказывают очевидцы, каждую ночь уводили людей на расстрелы? Этого мы уже не узнаем. Известно лишь, что в конце 1993 года в архивах ФСК-ФСБ были найдены секретные документы, касающиеся событий тех лет. Один из них – предписание на расстрел 28 человек от 7 января 1924 года, подписанное зампредом ОГПУ Г. Ягодой. На полях документа рукописная помета: «Исполнено в 24 часа 10 января 1924 г.». Приложен приказ от того же числа: «Коллегии. В Яузскую больницу. Прошу принять для немедленного погребения 28 (двадцать восэм) трупов. Ответственный дежурный ОГПУ Битемак».

Яузская больница, бывшая усадьба-дворец заводчика Баташева, была куплена царским правительством в середине XIX века под больницу для бедных. Послушание в ней несли в очередь подмосковные монастыри. Вскоре после революции она стала ведомственной больницей ГПУ-ОГПУ. Здесь имелась надежная ограда,

скрытые дворики и внутренний парк, а также своя охрана. И все-таки невозможно понять, что заставило чекистов хоронить расстрелянных под окнами своей больницы, в самом центре Москвы.