Наиболее ранняя запись в Ладанных книгах о выдаче ладана «к Козьме и Домьяну что на Покровке» относится к 1617 году и позволяет установить, что уже тогда, в 1610-х годах, в церкви существовал придел во имя святителя Николая Чудотворца. Подобные записи присутствуют во всех Ладанных книгах 1618-1653 годов. О выдаче ладана в придел в них говорится так: « к церкви к Николе Чудотворцу что у Козмы и Домьяна в пределе на Покровке»  или в храм «Козьмы и Демьяна да в придел Николы чудотворца что на Покровке» .Ко времени составления Строельной книги 1657 года храм был уже каменным5. П. Хавский полагал, что каменную церковь Космы и Дамиана выстроили еще до составления Писцовых книг 7147 (1638/1639) года, ссылка на которые существует в тексте Строельной книги. О том, как она выглядела, почти ничего не известно. До нас дошел лишь текст храмозданной надписи на ее стене, приведенный в Географическом словаре Щекатова и Максимовича, хотя самого храма ко времени издания словаря уже не существовало. Согласно этой надписи в 7159 (1650/1651) году «приделана была к оной (церкви – А. Б.) паперть и колокольня» 6. Таким образом, не исключено, что первоначальный каменный храм Космы и Дамиана стоял на подклети и до 1651 года имел деревянные паперти или крыльца. Однако это предположение может быть справедливым лишь при условии, что надпись с несохранившегося храма была скопирована в словаре достаточно точно.

Разрешение на перезахоронение

Разрешение на перезахоронение было получено, однако могилы схимонахини Марфы на Ваганьковском кладбище до настоящего времени обнаружить не удалось.

Монастырские храмы освобождались для новых хозяев. При ликвидации монастыря наиболее ценные старинные предметы, оставшиеся после изъятия церковных ценностей

1922 года, были по описям переданы музейному отделу Наркомпроса. В описях были упомянуты: фелонь и стихарь с жемчужными оплечьями XVII века, пелена, орари, поручи и убрус XVII века, облачения, ковры, кресты и ризы XIX века, резной деревянный иконостас с иконами XIX века , книги, посуда, подсвечники, мебель – всего 151 предмет. Кроме того, инспектор административного отдела МГИК сдал инспектору Госфондов УНД МФО на вес: парчи, шелка, бархата, металла и свечного лома – 56 кг, полотенец – 14 кг, простынь – 18 кг, парчевой ветоши -114 кг 86. Контролеру Новикову, отвечавшему за ликвидацию монастыря, поступила служебная записка от коллеги: «оставь для ячейки Союза безбожника адмотдела для организации уголка безбожников красного бархата и красного атласа и штуки 4 розовых плата»; здесь же имеется и расписка в получении «полотнища красной материи для уголка безбожников.Церковная община бывшего Ивановского монастыря перешла в храм Св. Троицы в Серебряниках, взяв с собой то немногое, что оставалось после всех изъятий: облачения, книги, кое-какие богослужебные предметы, иконы  и почитавшийся чудотворным обруч из монастырской часовни.