26 марта 1935 года было выпущено Постановление Президиума МОИК за № 476: «Принимая во внимание, что 1) здание церкви Троицы в Хохловском переулке – необходимо использовать для лаборатории и хранилища государственного музея Антропологии – 2) на расстоянии килом. имеется другая действующая двухэтажная церковь, т.н. Успения на Покровке, 3) необходимые средства для переоборудования здания в наличии имеются: Разрешить Мосгорисполкому церковь т.н. Троицы в Хохловском переулке закрыть, а здание использовать в указанных целях. 31 марта 1935 года постановление МОИКа о закрытии церкви было объявлено прихожанам, которые через несколько дней направили заявление во ВЦИК с протестом против действий московских властей: «Принимая во внимание, что в этом районе не имеется совсем церквей, ходатайствуем об отмене вышеназванного постановления Мособлисполкома и об оставлении церкви Троицы в Хохловском переулке для пользования Общиной верующих». На заявлении была сделана знаменательная приписка: «Присоединяюсь к настоящему заявлению, прошу удовлетворить ходатайство общины. Митрополит Сергий.

Тем не менее 16 апреля в Моссовет пришла очередная бумага из Музея антропологии с подробным планом переустройства церковного здания в Хохловском переулке.

Постановление Президиума

Московского совета рабочих и крестьянских депутатов от 11 июля 1919 года гласило: «Монастырь закрывается и передается в распоряжение отдела принудительных работ НКВД»74. Сопротивление общины на этот раз не привело ни к какому результату, и в стенах старинного московского монастыря разместилось уродливое порождение новой безбожной системы – советский концлагерь. Вся дальнейшая жизнь ивановских монахинь вплоть до их окончательного изгнания из стен монастыря в апреле 1927 года проходила в постоянной тревоге. Каждый день они могли оказаться на улице без крыши над головой.

В голодный неспокойный 1919 год в стенах монастыря умер 90-летний священник Петр Скворцов. Очевидно, обстоятельства военного времени не позволили вынести тело покойного для погребения на городском кладбище, и старого священника похоронили на территории монастыря в узком проходе между больничным корпусом и монастырской стеной. Об этом напоминает лишь полустершаяся надпись на стене больничного здания: «ПЕТР ГЕРМОГЕНОВИЧ СКВОРЦОВ 1829-1919». Надпись обведена рамкой, напоминающей очертания гробницы, здесь же – изображение голгофского Креста.

Несмотря на все сложности военного времени и бытовую неустроенность, монастырь продолжал жить напряженной духовной жизнью. Ивановские сестры частенько бывали в находившемся по соседству храме святителя Николая Чудотворца на Маросейке.