Следовательно, не исключено, что первый каменный храм в Подкопаях был построен еще в XVI веке. Однако это лишь предположение, еще не подкрепленное археологическими изысканиями. Храм с таким планом мог быть построен и в XVII столетии, в царствование Михаила Феодоровича, что подтверждает близкая по типу церковь Всех Святых на Кулишках, возведенная в 16зо-е годы.

Во время реставрации сильно перестроенной церкви был обнаружен фрагмент нижнего яруса кокошников. Вероятно, в середине XVII века храм завершался горкой кокошников и одной световой главой. Каменной колокольни в это время церковь еще не имела – ее могла заменять деревянная звонница.

В XVII веке местность по берегам Рачки была полностью заселена. Первые домовладельцы в приходе святителя Николая в Подкопаях упомянуты в московских Переписных книгах 1630-х годов. Привлекая более поздние документы, можно определить местоположение некоторых дворов XVII века. Территорию вокруг церкви и кладбища занимал двор стольника Емельяна Ивановича Бутурлина, выходивший в два переулка. Сохранившийся на этом дворе двухэтажный кирпичный дом со сводами датируется если не XVII, то по крайней мере началом XVIII века. На церковном дворе, по переписи 1638 года, жили поп Михаил с сыном Василием. Выше двора Бутурлина располагалась усадьба Михаила Ивановича Глебова, одного из строителей храма Трех Святителей на Кулишках. В месте с Бутурлиными и Глебовыми находился двор Иллариона Дмитриевича Лопухина.

Первый квартал

В начале 1770-х годов во время чумы погибли священник, дьячок и пономарь Никольской церкви. В живых остался лишь диакон Василий. Храм был опечатан и вновь открыт в 1774 году по прошению определенного сюда иерея Василия Иванова з. В это же время навсегда закрыли большое кладбище при храме. Остатки древних захоронений, как сообщает И. М. Снегирев, существовали здесь до середины XIX века:

« .сохранилось несколько надгробных камней 17 и 18 столетий. К сожалению, надписи на них большею частию изгладились от времени и руки человеческой. На камне, вставленном в северную стену квадрата, обозначено место погребения князя Щетинина, на другом камне, найденном в трапезе, читаем, что он указывает на могилусоляной конторы судьи Степана Федоровича Сурожского, умершего в 1673 г. 65-ти лет и 5 месяцев от рождения. На двух же кладбищах погоста, так называемого монастыря, окружающего храм, не осталось и следа могил, белые тесаные, равно и дикие камни свезены оттуда и употреблены на строение».

В конце XVIII века по новому административному делению Москвы местность Подкопаи была отнесена к Пятой полицейской части, а церковь Николая Чудотворца с приходскими дворами входила в ее Первый квартал.

В «Указателе жителей г. Москвы» 1793 года здесь отмечены следующие домовладельцы: священник Василий Иванов, диакон Василий Акимов, дьячок Иван Федоров, пономарь Прохор Мали- сов, просвирня Анна Афанасьева, артиллерии капитан Федор Дмитриевич Колтовский, Петр Дмитриевич Кожин, генерал-поручик Петр Сергеевич Свиньин, отставной регистратор Иван Михайлович и губернский секретарь Филипп Михайлович Божуковы, Василий Петрович Толстой и новые.