Тяжелым испытанием для Петропавловской церковной общины стала кампания по конфискации церковных ценностей в пользу голодающих Поволжья, предпринятая большевиками в надежде обескровить и дискредитировать Русскую Православную Церковь. 20 апреля 1922 года представители районной комиссии Помгола пришли в Петропавловский храм. Настоятелем церкви в это время был священник Василий Никанорович Судницын , а диаконское служение исправлял Леонид Григорьевич Коновалов. Комиссия устроила проверку церковного имущества по описи и отметила предметы из драгоценных металлов, подлежащие конфискации. Всего из Петропавловского храма Комиссия увезла серебряных изделий весом в 3 пуда 1 фунт и 73 золотника. Большую часть конфискованного имущества составляли серебряные ризы разных размеров с особо почитаемых икон. Были также изъяты серебряная церковная утварь, лампады, оклады с Евангелий и венчики с икон. Как писали в донесении, конфискация прошла спокойно. Верующие протестовали лишь против изъятия некоторых предметов, имевших для храма особую ценность. Главным образом это касалось частиц святых мощей в серебряных вызолоченных крестах. Кресты с мощами удалось отстоять. Оставили серебряную ризу с иконы Казанской Божией Матери, а также старинную серебряную лампаду при ней.

Участие именитых прихожан

Тем не менее оба старосты главных соборов Москвы, будучи близкими соседями (их владения находились в Петроверигском переулке), объединились для приведения своего приходского храма в порядок перед грядущим юбилеем. Свой вклад в это дело внесли также Ю. М. Карзинкина и ее сын, Сергей Сергеевич, продолжавшие благочестивую семейную традицию. Кроме них, были и другие жертвователи из числа прихожан.

К ноябрю 1893 года капитальный ремонт храма был практически окончен. Его покрыли новой кровлей, заменив сгнившие стропила, главы позолотили, стены оштукатурили и побелили. Настенную роспись внутри храма прописали заново, вновь позолотили иконостасы, а также клиросы и киоты для местночтимых икон, лампады и подсвечники (при этом восковые свечи были заменены в подсвечниках металлическими высеребренными). 31 октября был заново освящен придел святителя Николая, а 14 ноября – главный алтарь во имя Спасителя Исцелителя расслабленного.

Участие именитых прихожан в приходской жизни не ограничилось приведением в благолепное состояние внешнего вида храма. Преобразилось и богослужение. «Отныне, – как писали «Московские церковные ведомости», – в Космодамианской, на Покровке, церкви всенощныя под двунадесятые праздники и литургию в двунадесятые и воскресные дни будет петь хор певчих Боткина, а всенощныя под воскресныя дни – певчие Молодцова» .