От первой половины XVII века здесь уцелела лишь древняя храмовая святыня, которая хранилась на горнем месте в алтаре Петропавловского придела, устроенного после возведения нового каменного храма в 1702 году, – запрестольная икона «Проповедь святых Апостолов» 1642 года (вклад дьяка Петра Стеншина). Для этой же церкви известным царским изографом XVII века Симоном Ушаковым была написана икона Владимирской Божией Матери, которая датируется по надписи 1665 годом.

Первым известным нам настоятелем Петропавловской церкви был священник Иоанн.

Он упоминается в записи расходных книг Патриаршего Казенного приказа за 1637 год: «1745 года августа 10 по подписной челобитной петропавловскому, что у Яузских ворот, у Старых Конюшен, попу Ивану, да дьякону Владимиру на церковное строение до сроку до Светлого Воскресения 146 года 20 рублев дано» . По Переписной книге 1638 года причт Петропавловской церкви, что у Яузских ворот на горе, состоял из священника Иоанна Антонова, диакона Владимира Юрьева, пономаря Никифора Адрианова и просвирни Дарьи Самсоновой. Во дворах причта проживали люди разных чинов: подьячие, стряпчие, работники печатного двора, истопники. В границах церковного прихода располагались дворы князя Ивана Федоровича Волконского, князя Андрея Ивановича Мещерского, Петра Даниловича Протасьева, Никифора Ивановича Нащокина, Федора Степановича Обольянинова и стрелецкого сотника Ивана Яковлевича Солохова

Подавления бунта

После подавления бунта Всехсвятскую церковь и два соседних храма – Покровский на Покровке и Преображения Господня в Глинищах -остались без настоятелей и всего с двадцатью тремя дворами прихожан, причем за Всехсвятской церковью числилось всего 6 дворов 35. Именно к ней решили приписать два других храма. За короткое время в церкви сменилось несколько настоятелей: Иоанн Степанов, Никита Мануйлов и Василий Федоровз6 Из составленной в 1781 году жалобы дьячка на бедность и притеснения со стороны священника Василия Федорова мы узнаем, что в приходе имелось только 4 двора, а денег, получаемых со сдаваемых внаем церковных лавок, едва хватало на ремонт храма. Оправдываясь, священник указывал, что в 1779 году дранью и тесом перекрывалась паперть, мостилась мостовая, а летом 1781 года церковь с колокольней была «вычинена» снаружи и выбелена известью, а внутри, в теплом храме, переделывалась печь.

О состоянии внутреннего убранства церкви Всех Святых в то время можно судить по недавно обнаруженной редкой описи, датируемой 1776 годом. Как обычно, она начинается с перечисления богослужебных предметов, находившихся в алтаре. Отметим среди них большое Евангелие в серебряном с позолотой чеканном окладе с 21 камнем, низанный жемчугом серебряный чеканный крест, запрестольный образ Богоматери с Младенцем с низанным жемчугом убрусом, надпрестольную сень, «местами резную и столярную писанную», и множество серебряных вызолоченных литургических сосудов.