Уже упомянутая Строельная книга 1657 года содержит следующее описание храма: «Церковь каменная Петра и Павла, что у Яузских ворот, на горе, под церковью земли и кладбища мерою блиннику 32 сажени, поперек 17 сажен, в другом поперешнике 8 сажен и то кладбище в поперешнике тесно и порозжих мест нет» з.

В составе причта Петропавловского храма здесь называлось имя «Петровского попа Федора». Диакона и пономаря в это время в церкви не было: в доме диакона проживала его вдова; пономарский и просвирнический дворы были пусты. Половина владения священника была продана в 1651 году настоятелем Иоанном Антоновым думному дворянину Ивану Федоровичу Еропкину: « .человек его Петрушка положил купчую, что тот двор думный дворянин Иван Федорович купил у Петровского попа Иоанна в прошлом 159 году, а в купчей написано, что то место белое» 4. С церковной землей граничили дворы подьячего Поместного приказа Лонгина Дементьева и подьячего Патриаршего Казенного приказа Якова Филиппова. По государеву указу к церкви Петра и Павла, что у Яузских ворот, прирезали землю из дворов священника и просвирни. Не был сокращен лишь участок диакона. Просвирне выделили землю из пономарского двора, а священнику отвели под двор «место остатошной его дворовой земли 3 сажени с полусаженью, да к той его остальной попове земле по Государеву указу взята старинная попова дворовая земля, которую раньше продали Григорию Одинцову, которая ныне за Силою Петеликиным»5. Старое и новое кладбище Петропавловской церкви огородили деревянным забором. Деньги на материал и за работу плотников выделили из Земского приказа.

Деревянная церковь апостола Петра

Так, деревянная церковь Поклонения веригам святого апостола Петра была перестроена в кирпиче в 1669 году на средства Ильи Даниловича Милославского, в память о бракосочетании его дочери Марии с царем Алексеем Михайловичем, совершившимся в день этого праздника, 16 января 1648 года.

Перемещение двора и центра государственной власти в Санкт-Петербург, а также изменение структуры государственного управления в XVIII веке вызвали постепенное сокращение численности московских приходов. В результате петровских реформ храмы лишились руги – государственной поддержки, позволявшей им не зависеть от благосостояния прихожан. Обилие храмов на Кулишках было следствием существования здесь великокняжеского двора, обетного государева строительства, а также храмоздательной деятельности состоятельных прихожан. Однако в XVIII-XIX веках близкое расположение церквей стало причиной их «малоприходства» – сокращения числа дворов. Ветшающие храмы было некому поддерживать, и приходы стали укрупнять за счет упразднения малочисленных. Так, в XVIII веке разобрали церкви Покрова Богородицы в Садех и святителя Николая в Мыльниках. Приход храма Покрова Богородицы, в котором в 1775 году числилось всего три владения и 18 прихожан, был приписан к соседней церкви Преображения Господня в Глинищах. Свою зловещую роль, как и в других районах Москвы, здесь сыграла чума 1771 года, унесшая жизни многих клириков и прихожан. Именно после нее запустела церковь Николая Чудотворца в Мыльниках, при которой осталось только два двора.