К ноябрю 1801 года строительство трапезной и колокольни было завершено, после чего в трапезной освятили зимний придел в честь евангелиста Иоанна Богослова 6. Три года спустя священник Алексий Иванов (Александров) вновь обратился к епархиальному начальству с просьбой об устройстве теплого храма, указывая, что на правой стороне трапезной «в соразмерность имеющеюся на левой алтаря место остается праздно, и для сооружения придела очень удобно и соответственно; при ревности своей к чудотворцу св. Димитрию Митрополиту Ростовскому, кои храм тут и в старой трапезе находится. желаем воздвигнуть тут престол во имя чудотворца Димитрия Ростовского» 37. В фонде Московской управы благочиния сохранился документ от марта 1804 года о прохождении этого дела в консистории, в котором указывается, что «их Рождественской церкви трапеза переделана вновь, а ныне же де приемлют для соблюдения симметрии будущей весной начать и настоящую, да при ней устроить для жительства священнослужителей каменную двухэтажную палатку, так как причт в сем очень нуждается за неимением у них деревянных домов и за неимуществом своим к выстройке каменных. А посему на правой стороне трапезы в соразмерность имеющегося на левой, алтаря место остается изрядно и для сооружения придела очень удобно и соответственно: то при ревности своей к чудотворцу св. Димитрию митрополиту Ростовскому коей храм тут и в старой трапезе находился, желают паки воздвигнуть придел во имя чудотворца Димитрия Ростовского приложили к жительство нового придела было получено, и 6 ноября 1804 года он был освящен .

Русская Православная Церковь

В 1970-х -начале 1980-х годов была проведена первая научная реставрация Всехсвятской церкви (архитекторы И. И. Казакевич и В. Ф. Коршунов). При натурных исследованиях реставраторы выявили архитектурные формы, относящиеся к первому строительному периоду, т.е. к 1630-м годам. Со стороны апсид сняли культурный слой, полностью скрывавший подклет храма, благодаря чему его фасады были частично раскрыты на первоначальную высоту.

В конце 1991 года Всехсвятский храм был возвращен Русской Православной Церкви. Тогда же началось восстановление его внутреннего убранства. Вспоминая это время, очевидец отмечает:

«Многие из прихожан храма Всех Святых на Кулишках помнят вечернее богослужение в Никольском приделе, которое происходило

18 декабря 1991 г. Мы помним первые уборки помещения храма, которые велись силами прихожан. Мы помним радость при ощущении, что нашим трудом начинается очищение храма от скверны. Мы помним первые проповеди настоятеля храма игумена Мартирия в полуосвещенном Никольском приделе перед фанерным иконостасом, полные веры в беспредельность Божественной любви Господа. Всем нам понятно, что стены храма возводят строители, средства на строительство жертвуют богатые люди, организуют работу те, кто обладает организационными возможностями.