Умер князь Ф. Ф. Куракин после 1683 года. А. Никольский обоснованно предполагал, что Е. А. Куракина устроила ружную церковь для поминовения родных, уже будучи вдовой, т.е. в конце XVII века ”. Неизвестно, было ли здание, упомянутое в Строельной книге 1657 года, перестроено полностью или возведено на нижних частях старого. Несомненно одно: его облик коренным образом изменился и был уподоблен дошедшим до нас двухэтажным приходским храмам XVII столетия – прежде всего ближайшей к Покровке церкви Трех Святителей на Кулишках, а также церкви великомученика Георгия в Старых Лучниках. Двухэтажным был и храм святителя Николая Чудотворца в Столпах, известный по обмерам и фотографиям. Нижний храм в церкви Трех Святителей имел две апсиды, в которых размещались алтари приделов Флора и Лавра и Трех Святителей, а храм в Лучниках – одну. В церкви Николы в Столпах оба четверика были с тремя апсидами, а по сторонам от алтарей верхнего и нижнего храмов располагались симметричные приделы.

Судя по планам приходских владений, составленным до 1791 года, нижняя церковь в храме Космы и Дамиана имела три апсиды. Вероятно, в центральной апсиде находился алтарь церкви Николая Чудотворца, а в северной – придел Космы и Дамиана. Как и во многих двухэтажных храмах, алтарная часть верхней церкви Казанской иконы Божией Матери могла быть сдвинута к западу относительно нижнего храма, в результате чего восточные стены ее апсид опирались на восточную стену нижнего четверика. О наличии у церкви трапезной также известно по документам, опубликованным А. Никольским.

Князь Петр Иванович Барятинский

Таким образом, композицию нового храма определило прежде всего сочетание в одном здании двух самостоятельных церквей – приходской и владельческой, «ружной». При этом необходимо отметить, что размещение приделов одного над другим получило распространение на московском посаде именно во второй

половине XVII века. Вероятной причиной распространения этого архитектурного приема в условиях городского храмостроительства могла быть определенность границ церковной земли, ограничивавшая возможность расширения площади под церковным строением.

В конце XVII века приход церкви Космы и Дамиана был наиболее представительным среди приходов этой части Белого города.

Здесь числилось 2 боярских двора, 8 стольничьих, 1 гостиный, 2 вдовьих и монастырское подворье.

Уже А. Никольский обратил внимание на то, что среди вкладчиков церкви Космы и Дамиана, погребенных в ее некрополе, были люди, обитавшие в других приходах. Так, уже упоминавшийся князь Петр Иванович Барятинский жил в приходе церкви Трех Святителей на Кулишках, хотя его семейная гробница находилась в трапезной церкви Космы и Дамиана. Там же располагались захоронения других известных семейств, например, представителей старинного дворянского рода Безобразовых, также обитавших в другом приходе. Об этом свидетельствует найденная в 1875 году надгробная плита Анастасии Ивановны Безобразовой и дело 1756 года о хищении тканей и серебряного шитья из погребения генерала Ивана Григорьевича Безобразова крестьянином, нанятым «для копания и выкладки кирпичом в трапезе той  церкви могилы.