История Трехсвятительского храма и прихода в XVIII веке прослеживается по актовым книгам города Москвы 1701-1780-x годов, переписным книгам 1735-1742 годов, а также по церковным метрическим и исповедным книгам и другим архивным материалам. В первой половине XVIII века бывший двор Акинфовых, располагавшийся к югу от церкви, перешел к прокурору Юстиц-коллегии Аврааму Федоровичу Лопухину и его супруге Анне Ивановне, которые возвели здесь двухэтажные каменные палаты, сохранившиеся до нашего времени. Сохранилось и несколько планов середины XVIII века, на которых запечатлены палаты Лопухиных, большой сад и парадный двор с деревянными флигелями 23. В середине XVIII века между двором Лопухиных и церковной землей был проложен небольшой переулочек, упиравшийся в смежное владение, которое в конце 1740-х годов перешло от Колтовских к Ф. И.Уша- кову. В 1757 году часть этого владения была продана прокурору Михаилу Киприановичу Лунину. В 1746 году Лопухины, Ушаков, а также подкопаевские прихожане Глебовы и Толстые обратились в полицейскую канцелярию с просьбой ликвидировать Голосов переулок, а землю разделить между ними, что и было им разрешено. В 1720 году палаты, располагавшиеся на углу Подкопаевского и Малого Трехсвятительского переулка, пройдя через несколько рук, оказались во владении полковника П. И. Ловчи- кова, а затем перешли к его дочери, Т. П. Орловой. После присоединения соседнего участка Сан- дулова ее двор стал граничить с церковной землей.

Иван Афанасьевич Сокольский

Пока шло строительство храма, его настоятеля, отца Николая Тимофеева, сменил молодой священник Иван Афанасьевич Сокольский.

В 1795 году ему было всего 27 лет, его супруге Прасковье Васильевне – 20 лет, а сыну Андрею исполнился один год. Именно отцу Иоанну было суждено заниматься восстановлением храма, разоренного в 1812 году. В отчете о состоянии московских церквей после освобождения столицы указывалось, что церковь Космы и Дамиана «стенами, крышею, иконостасом и св. иконами, кроме что оклады на них ограблены цела». Французские мародеры похитили часть утвари, но наиболее ценные предметы, видимо, спрятанные клиром, уцелели. Приходские дворы при пожаре не пострадали, сохранился и собственный каменный дом отца Иоанна Афанасьева, где он проживал с супругой и уже с четырьмя детьми. Сгорели лишь деревянные дома других причетников, в том числе дьячка Алексея Иванова, отца семерых детей 66.

Уже в декабре 1812 года в храме были возобновлены богослужения, которые первоначально велись только в приделе Николая Чудотворца 67. Остальные престолы освятили уже на следующий год 68. В 1813 году к храму Космы и Дамиана была приписана находившаяся поблизости церковь Поклонения веригам апостола Петра с приделом великомученицы Екатерины. Эту древнюю церковь, «Петр Святыи Вериги», впервые упомянутую в летописях под 1547 годом, постигла участь многих московских храмов, разоренных и оставшихся после пожара 1812 года без прихода сгорели все ее приходские дворы, число которых и без того было невелико.